引物序列设计

❶ PCR扩增时RNA引物序列设计时，引物序列是与目标基因前的序列互补呢，还是与目标基因互补请教啊！

与目标基因前的序列互补，你的引物的目的是扩增出目的基因，当然是要用基因前的序列作为模板了，自己再仔细想想

❷ 求设计SSR引物的步骤，越详细越好

水稻的基因组应该测序了，你在基因库中搜索简单重复序列，如（ac）5个重复专，搜索的结果会显示水属稻基因组中那些地方含有这些重复，然后将序列调出来，看看（ac）5个重复的左右序列是什么，然后可以直接使用或者根据左右两端的序列用引物设计软件设计引物。

❸ “引物”设计的原则是什么

引物设计有 3 条基本原则：

• 引物与模板的序列要紧密互补。

• 引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构。

• 再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。

❹ 对于不知道序列的目的基因 如何来设计它的引物

不知道序列，知道是什么基因的话，可以根据物种之间的同源性在保守区域设计引物，然后再用race等技术扩全长，如果基因名字什么都不知道的话。。。那就图位克隆。。

❺ PCR引物设计中的问题、保守序列在目的基因内、但是引物为什么在保守序列设计

没有要求必须在什么保守序列内设计啊 如果是要设计过表达的引物 只要保证包含了完整的CDS区就可以啦

❻ 根据给出的一段dna序列,设计引物

直接设计 只要包含了整个CDS区就可以

❼ 如何设计已知序列的引物

可以下载专抄门设计引物的生袭物学软件,如primer premier，将已知序列导入该程序，程序会自动生成一条正向引物和一条反向引物，并计算出Tm值。引物的长度在preference里可以修改，如果是已知序列的引物，能修改的也就是长度了，两条引物尽量选择Tm值比较接近的就可以了。
如果有构建克隆的需要，可以找百替生物。网址：http://www.100biotech.com/index.php

❽ 如何用氨基酸序列设计引物啊，设计好的引物如何评判，可以与相应的核酸序列作对比以改进吗

首先你得氨基酸序列是不是已知蛋白的序列，也就是在GENE BANK里能不能找到你的回氨基酸对答应的蛋白，如果知道是什么蛋白，那么就用该蛋白对应的DNA序列设计引物，设计引物可以用Primer软件，至于引物的评分可以参照软件给出的一些参数，比如是否有DIMER形成，TM值，有无错配等等。选择评分比较高的引物，进行合成，然后PCR扩展试试，看看目的条带能不能出来，事实说话，扩得出来且没有杂带就是好的引物。

如果，你的氨基酸序列是未知蛋白的序列，那么你就得麻烦点了：1.从氨基酸序列中选择氨基酸对应密码子种类比较少的一段设计引物.2.考虑到密码子偏好性，如同一氨基酸的密码子，在不同物种中对某种密码子偏好。3.如果某个氨基酸的密码子有四种可能，那就在引物中使用I。4.为了降低引物的兼并性，提高PCR反应的特异性，设计多条引物分别扩增。5.设计一条兼并引物以后，另一条引物可以使用oligodT，如果要做5‘RACE，可以考虑使用clotech的SMART cDNA amplification Kit。

如果还有什么疑问在留言吧。希望好运

❾ DNA序列的PCR引物设计

1，PCR引物是利用碱基互补原则，通过找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板专DNA序列。
2，首先要找到属你用来设计引物的目的基因全序列，一般NCBI、Genebank上都能找得到。
3，引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导 致其延伸温度大于74℃，不适于Taq DNA聚合酶进行反应；引物3’端尽量不要出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，这样会会增加错配几率，3’端尽量不要以A为结尾； 引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的 GC含量不能相差太大； ΔG值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳 定性。应当选用3’端ΔG值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间ΔG值相对较高的引物。引物的3’端的ΔG值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应；对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR产物 的载体的相应序列而确定。

❿ 设计引物如何选择序列

设计什么引物，扩增基因的呢？还是检测基因的表达的？两个不一样，要是检测内真核细胞的基因的用软件计算，容并且看看是否跨内含子，最好跨个内含子避免扩增基因组导致假阳性。要是扩增基因构建载体的，一般加上酶切位点再加上一段目的序列（12-16bp）即可。