引物序列設計

❶ PCR擴增時RNA引物序列設計時，引物序列是與目標基因前的序列互補呢，還是與目標基因互補請教啊！

與目標基因前的序列互補，你的引物的目的是擴增出目的基因，當然是要用基因前的序列作為模板了，自己再仔細想想

❷ 求設計SSR引物的步驟，越詳細越好

水稻的基因組應該測序了，你在基因庫中搜索簡單重復序列，如（ac）5個重復專，搜索的結果會顯示水屬稻基因組中那些地方含有這些重復，然後將序列調出來，看看（ac）5個重復的左右序列是什麼，然後可以直接使用或者根據左右兩端的序列用引物設計軟體設計引物。

❸ 「引物」設計的原則是什麼

引物設計有 3 條基本原則：

• 引物與模板的序列要緊密互補。

• 引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或發夾結構。

• 再次引物不能在模板的非目的位點引發DNA聚合反應(即錯配)。

❹ 對於不知道序列的目的基因 如何來設計它的引物

不知道序列，知道是什麼基因的話，可以根據物種之間的同源性在保守區域設計引物，然後再用race等技術擴全長，如果基因名字什麼都不知道的話。。。那就圖位克隆。。

❺ PCR引物設計中的問題、保守序列在目的基因內、但是引物為什麼在保守序列設計

沒有要求必須在什麼保守序列內設計啊 如果是要設計過表達的引物 只要保證包含了完整的CDS區就可以啦

❻ 根據給出的一段dna序列,設計引物

直接設計 只要包含了整個CDS區就可以

❼ 如何設計已知序列的引物

可以下載專抄門設計引物的生襲物學軟體,如primer premier，將已知序列導入該程序，程序會自動生成一條正向引物和一條反向引物，並計算出Tm值。引物的長度在preference里可以修改，如果是已知序列的引物，能修改的也就是長度了，兩條引物盡量選擇Tm值比較接近的就可以了。
如果有構建克隆的需要，可以找百替生物。網址：http://www.100biotech.com/index.php

❽ 如何用氨基酸序列設計引物啊，設計好的引物如何評判，可以與相應的核酸序列作對比以改進嗎

首先你得氨基酸序列是不是已知蛋白的序列，也就是在GENE BANK里能不能找到你的回氨基酸對答應的蛋白，如果知道是什麼蛋白，那麼就用該蛋白對應的DNA序列設計引物，設計引物可以用Primer軟體，至於引物的評分可以參照軟體給出的一些參數，比如是否有DIMER形成，TM值，有無錯配等等。選擇評分比較高的引物，進行合成，然後PCR擴展試試，看看目的條帶能不能出來，事實說話，擴得出來且沒有雜帶就是好的引物。

如果，你的氨基酸序列是未知蛋白的序列，那麼你就得麻煩點了：1.從氨基酸序列中選擇氨基酸對應密碼子種類比較少的一段設計引物.2.考慮到密碼子偏好性，如同一氨基酸的密碼子，在不同物種中對某種密碼子偏好。3.如果某個氨基酸的密碼子有四種可能，那就在引物中使用I。4.為了降低引物的兼並性，提高PCR反應的特異性，設計多條引物分別擴增。5.設計一條兼並引物以後，另一條引物可以使用oligodT，如果要做5『RACE，可以考慮使用clotech的SMART cDNA amplification Kit。

如果還有什麼疑問在留言吧。希望好運

❾ DNA序列的PCR引物設計

1，PCR引物是利用鹼基互補原則，通過找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地擴增模板專DNA序列。
2，首先要找到屬你用來設計引物的目的基因全序列，一般NCBI、Genebank上都能找得到。
3，引物的長度一般為15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不應大於38，因為過長會導 致其延伸溫度大於74℃，不適於Taq DNA聚合酶進行反應；引物3』端盡量不要出現3個以上的連續鹼基，如GGG或CCC，這樣會會增加錯配幾率，3』端盡量不要以A為結尾； 引物序列的GC含量一般為40-60%，過高或過低都不利於引發反應。上下游引物的 GC含量不能相差太大； ΔG值是指DNA雙鏈形成所需的自由能，該值反映了雙鏈結構內部鹼基對的相對穩 定性。應當選用3』端ΔG值較低（絕對值不超過9），而5』端和中間ΔG值相對較高的引物。引物的3』端的ΔG值過高，容易在錯配位點形成雙鏈結構並引發DNA聚合反應；對引物的修飾一般是在5』端增加酶切位點，應根據下一步實驗中要插入PCR產物 的載體的相應序列而確定。

❿ 設計引物如何選擇序列

設計什麼引物，擴增基因的呢？還是檢測基因的表達的？兩個不一樣，要是檢測內真核細胞的基因的用軟體計算，容並且看看是否跨內含子，最好跨個內含子避免擴增基因組導致假陽性。要是擴增基因構建載體的，一般加上酶切位點再加上一段目的序列（12-16bp）即可。